とりあえずバグ部分だけでもメモ。
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69行目，
cache.php 2005/11/01 12:53:39版
71行目
if(isset($bs) && count($tbs)>=RECENT_TRACKBACKS){
をif(isset($tbs) && count($tbs)>=RECENT_TRACKBACKS){
へ。これを直さないと，トラックバックが全件表示されてしまう。
js/script.js 2005/10/25 18:10:47版
515〜519行目
if(gc("comment-expand", o("UID"+uid))!=null){
data += '<p class="comment-expand" title="ここでコメントを展開します">'
+ gc("comment-expand", o("UID"+uid)).innerHTML
+ '</p>?n';
}
を削除。Ajaxを有効にしている場合で，かつコメントボタンが投稿者情報などのさらに下に表示されている場合には，ここを削除しないとヘッドラインモードで続きを読むをクリックしたとき，及び複数ページのリンクをクリックしたときにボタンが2つ表示されてしまう。
admin.php 2006/01/30 19:21:47版
172，229行目の
<body>を削除。単にbodyタグが重複しているので。xrea.comはbodyタグの後に自動的に広告が挿入されてしまうのですが，管理画面だけ広告が2つ表示されてしまうのですぐ分かりました（笑
それから，moblogの場合に更新pingが送信されない件。
xmlrpc.php 2005/09/12 19:37版
22行目をコメントアウト。moblogの場合，まずここでひっかかってます。
25行目，
if($ping_sites[$i]==1){
を if(!empty($ping_sites) ? $ping_sites[$i]==1 : $send_ping==1){
に変更。この2つで一応更新pingは飛ぶようになりますが，もう一カ所。69行目，
$result .= '<h4>更新Ping送信成功! - <a href="'.$url.'" title="エントリーを見てみる？">'.$ping_n.'</a>: '.(isset($m[2])?$m[2]:'').'</h4>'.NL;を
$result .= '<h4>更新Ping送信成功! - <a href="'.$url.'" title="エントリーを見てみる？">'.$ping_n.'</a>: '.$m[0].'</h4>'.NL;に変更。'Thank you for the ping'というようなメッセージが表示されるようになります。まぁいらないといえばいらないかもしれないけど（汗
とりあえずこんなところ。まだ直したいところはあるけれど，それは追々ということで。
あと、注意表示が文字化けしてるのもバグ？